Juan Manuel de la Puente nació en Tomellososa de Tajuña (Guadalajara) el 8 de agosto de 1692, hijo de Francisco y María. Fue seise de la catedral de Toledo, siendo sus maestros Pedro de Aldama y Juan de Bonet.

A la edad de 19 años realizó la oposición al magisterio de capilla de la catedral de Jaén y después de superar serias dificultades con el resto de sus compañeros participantes, le dieron a él la plaza.

Pasó toda su vida en Jaén dedicado a la enseñanza y composición y de él se hace una gran alabanza cuando por razones de un accidente pidió ser liberado de algunas cargas.

Murió el 19 de diciembre de 1753. Tres volúmenes se conservan de sus obras en el archivo de la catedral (catálogo del archivo de la catedral de Jaén. Alfonso Medina Crespo)